Газовый хроматограф «Кристаллюкс-4000М» полностью автоматизирован, начиная от ввода пробы и заканчивая обработкой хроматографической информации, в т. ч. реализованы функции автоматического регулирования температуры термостатов, расходов и давления газа-носителя (система ЭУПГ), вспомогательных газов, автоматического поджига детекторов, контроль горения пламени в процессе работы, измерения сигналов детекторов с помощью 24-разрядного АЦП.

Хроматограф выпускается двумя моделями: с объемом термостата колонок 7 л (исполнение 1) или 14 л (исполнение 2). Термостаты позволяют разместить до четырех насадочных (металлических или стеклянных) или трех капиллярных колонок. Управление термостатом осуществляется с помощью нового высокоточного алгоритма термостатирования, позволяющего повысить точность поддержания температуры.

Верхняя панель термостата (аналитический модуль) может быть зафиксирована в рабочем или наклонном положении (под углом 35 - исполнение 1 и 12 - исполнение 2).

Поворот панели обеспечивает удобство установки и замены колонок, что эквивалентно увеличению объема термостата в исполнениях 1 и 2 соответственно на 3л и 5л. Таким образом, эффективный объем термостатов составляет для исполнений 1 и 2 соответственно 10 и 19л.

На верхней панели расположена крышка, предназначенная для доступа к газовой схеме для её перекоммутации.

Для работы термостата в области отрицательных температур к термостату могут быть подключены одно из двух устройств криостатирования (с применением хладагента — жидкого азота, при этом достигается нижний предел температуры минус 100 °C и без применения хладагента — нижний предел температуры — до минус 15 °C). Возможен одновременный анализ на двух капиллярных колонках с независимым управлением потоками газа-носителя. Возможно деление потока после капиллярной колонки на два детектора и ввод пробы одновременно в две колонки.